Był pierwszym Żydem o irańskich korzeniach, który zajmował to stanowisko.
Na okres jego kadencji przypada czas modernizacji i reform w izraelskiej armii, ale również takich wydarzeń jak druga intifada. Pomimo wsparcia opinii publicznej w Izraelu, jego poczynania były krytykowane na całym świecie. Chodzi tutaj głównie o głośne sprawy ofensywy w Dżaninie, odwetów w Strefie Gazy i izolacji Jasira Arafata. W związku z powyższym zaczęła narastać wewnętrzna krytyka, zwłaszcza stosowana przez grupy lewicowe (sprzeciwiali się zwłaszcza niszczeniu palestyńskich domów przez wojskowe buldożery).
W 2000, w wyniku kryzysu gabinetowego, Mofaz został mianowany przez Ariela Szarona ministrem obrony.
Po odejściu z armii, Mofaz przyłączył się do partii Likud. Pomimo tego, iż wspierał ideę porozumienia z Palestyńczykami, opowiadał się także za „zlikwidowaniem” Arafata i otwartą walką z organizacjami takimi jak Hamas, Palestyński Islamski Dżihad i Brygady Męczenników Al-Aksa.
21 listopada 2005 Mofaz odmówił Szaronowi przyłączenia się do tworzonej przez niego partii Kadima i obwieścił kandydowanie na lidera Likudu. Jednakże 11 grudnia 2005 zmienił zdanie i wstąpił w szeregi Kadimy.