Powstanie skończyło się jednak porażką, a zamieszana w nie Elżbieta została uwięziona w Tower.
Mimo żądań, by Elżbieta została skazana na śmierć, jej siostra Maria sprzeciwiała się, argumentując, że byłby to niebezpieczny precedens dla królobójstwa. Maria podejmowała próby, aby Parlament wykluczył jej siostrę z dziedziczenia, skończyły się one jednak niepowodzeniem. Po dwóch miesiącach pobytu w Tower Elżbieta została zwolniona, ale dalej przebywała w areszcie domowym pod nadzorem Henryka Bedingfielda. Pod koniec roku, kiedy krążyły plotki o rzekomej ciąży Marii, na rozkaz Filipa pozwolono Elżbiecie wrócić na dwór królewski.
Filip wolał, żeby Elżbieta dziedziczyła tron po Marii, niżby miała to być Maria I Stuart, następna w linii dziedziczenia, a to ze względu na otwartą wrogość szkockiej królowej wobec Hiszpanii, spowodowaną sojuszem z Francją. Maria Tudor jako gorliwa katoliczka naznaczyła swoje rządy prześladowaniem protestantów, których uznawała za heretyków. Wśród swoich wrogów zaczęła być znana jako „Krwawa Maria” (ang. Bloody Mary).