Struktura organizacyjna W skład ministerstwa wchodzi Gabinet Polityczny Ministra oraz następujące komórki organizacyjne: Biuro Ministra; Departament Transportu Morskiego Departament Bezpieczeństwa Morskiego Departament Rybołówstwa Departament Funduszy Unijnych Biuro Prawne Biuro Spraw Europejskich i Współpracy Międzynarodowej Biuro Dyrektora Generalnego Biuro Spraw Obronnych i Ochrony Informacji Niejawnych Stanowisko do Spraw Audytu Wewnętrznego
Jednostki organizacyjne podległe ministrowi lub nadzorowane: Akademia Morska w Gdyni Akademia Morska w Szczecinie Instytut Morski w Gdańsku Izba Morska w Gdańsku z siedzibą w Gdyni Izba Morska w Szczecinie Morska Służba Poszukiwania i Ratownictwa w Gdyni Odwoławcza Izba Morska w Gdańsku z siedzibą w Gdyni Urząd Morski w Gdyni Urząd Morski w Słupsku Urząd Morski w Szczecinie Instytut Rybactwa Śródlądowego im. Stanisława Sakowicza w Olsztynie; Morski Instytut Rybacki w Gdyni; Okręgowy Inspektorat Rybołówstwa Morskiego w Gdyni; Okręgowy Inspektorat Rybołówstwa Morskiego w Słupsku; Okręgowy Inspektorat Rybołówstwa Morskiego w Szczecinie.
III Rzeczpospolita (2006–2007) Ministrowie Gospodarki Morskiej Rzeczypospolitej Polskiej thumb|100px|Herb Polski