W mieście znajdują się dwa muzea poświęcone historii i geologii regionu północnej Arizony. Arizona Historical Society Pioneer Museum mówi o osadnictwie i działalności ludzi, którzy w XIX wieku zdobywali te tereny. Museum of Northern Arizona jest podzielone na kilka sekcji i opowiada o plemionach oraz nacjach żyjących na terenach środkowego zachodu USA. Omawia historię i rozwój, kulturę oraz sztukę indiańskich plemion zamieszkujących północną Arizonę oraz rejon Four Corners, m.in. Navajo, Hopi, Zuni i Havasupai. W muzeum pokazywane są także okresowo wystawy współczesnego malarstwa indiańskiego, m.in. w drugiej połowie 2011 roku obrazy Bruce'a Aikena, inspirowane krajobrazami stanów Arizona i Utah.
We Flagstaff znajduje się szlak pieszy o długości 6,8 km poświęcony historycznej Drodze 66. Wiedzie on ulicami miasta po zachowanych fragmentach, poprzez Visitor Center którego część stanowi muzeum poświęcone historycznej drodze.