Trzon działalności edukacyjnej Muzeum stanowią zajęcia i warsztaty dla różnych grup wiekowych. Obok nich organizowane są także konkursy i plebiscyty historyczne, imprezy plenerowe, gry edukacyjne i miejskie oraz szkolenia dla nauczycieli. Muzeum przygotowuje tematyczne serwisy internetowe, a także wydawnictwa przeznaczone dla nauczycieli i uczniów. Z okazji Narodowego Święta Niepodległości od 2006 r. Muzeum Historii Polski corocznie organizuje imprezę plenerową pod nazwą Przystanek Niepodległość.
Muzeum wydało ponad 130 publikacji. Otrzymały one m.in. Nagrodę im. prof. Jerzego Skowronka, nagrodę Stowarzyszenia Twórców Sztuki Użytkowej, nagrodę KLIO w kategorii edytorskiej, nagrodę Sybilla, Nagrodę Identitas czy Nagrodę im. Oskara Haleckiego. Wkładem Muzeum w rozwój nauk historycznych jest także bibliograficzna oraz pełnotekstowa baza zawartości czasopism humanistycznych BazHum.
Muzeum Historii Polski współpracuje z innymi muzeami, instytucjami akademickimi oraz edukacyjnymi m.in. w Belgii, Francji, Holandii, Niemczech, Wielkiej Brytanii i na Węgrzech. Wśród instytucji partnerskich znajdują się m.in.