Regularnie występują z Capellą Cracoviensis Vincent Dumestre (Le Poème Harmonique), Fabio Bonizzoni (La Risonanza), Alessandro Moccia (Orchestre des Champs-Élysées), Andrew Parrott, Paul Goodwin oraz zespoły takie jak Ensemble Oltremontano, Accademia Bizantina, Fretwork czy Nachtmusique. Współorganizuje Festiwal Bachowski w Świdnicy oraz Festiwal Opera Rara w Krakowie.
27 sierpnia 2016 roku Capella Cracoviensis wykonała 9 symfonii Ludwiga van Beethovena w przeciągu jednego dnia; koncert transmitowany był przez Polskie Radio. W 2018 roku jako pierwszy polski zespół wykonywała dzieła Wagnera na historycznych instrumentach z udziałem Waltraud Meier („Wesendonck-Lieder”). W maju 2018 roku rozpoczęła 6-letni projekt „Haydn – wszystkie symfonie 2018–2023” obejmujący koncerty oraz nagrania na żywo.
Capella Cracoviensis zrealizowała sceniczne wersje oper, m.in. „Amadigi di Gaula” G.F. Händla, "Wesele Figara" W.A. Mozarta, „Orfeo ed Euridice” Ch.W. Glucka, czy „Halka” S. Moniuszki (wersja wileńska), a także sceniczne projekty specjalne: m.in. madrygały C. Monteverdiego w barze mlecznym, pieśni chóralne F.