Widząc jego znudzenie brakiem pracy, doradza mu, aby ponownie objął dowództwo nad statkiem Enterprise.
Tymczasem USS Reliant poszukuje martwej planety do przeprowadzenia testu urządzenia Genesis, technologii pozwalającej na stworzenie życia z materii nieożywionej. Dowódcy Relianta, Pavel Chekov i Clark Terrel, przesyłają się na powierzchnię opuszczonej planety, myśląc, że to Ceti Alpha VI. Okazuje się, że wylądowali na Ceti Alpha V, na której 15 lat wcześniej James Kirk porzucił zmodyfikowanego genetycznie Khana wraz z jego załogą po tym, jak próbowali przejąć statek Enterprise. Po pozostawieniu ich samych sobie Ceti Alpha VI eksplodowała, co zniszczyło atmosferę sąsiedniej planety i zabiło żonę Khana, który poprzysiągł zemstę na Kirku. Khan porywa Chekova oraz Terrela i wszczepia im stworzenie, dzięki któremu są podatni na kontrolę umysłu. Używa ich do przejęcia Relianta. Przeglądając bazę danych statku, Khan dowiaduje się o projekcie Genesis i przeprowadza atak na stację kosmiczną Regula I, w której prowadzone są prace na projektem pod przewodnictwem byłej kochanki Kirka, dr Carol Marcus i jej syna Davida.