25 marca 1992 nastąpiła reforma Kościoła rzymskokatolickiego w Polsce, ustanowienie wśród 13 nowych diecezji również elbląskiej (biskupem diecezjalnym elbląskim został dotychczasowy biskup pomocniczy chełmiński bp Andrzej Śliwiński, biskupem pomocniczym dotychczasowy biskup pomocniczy warmiński bp Józef Wysocki), powstanie kurii diecezjalnej oraz komisji diecezjalnych (wikariuszami generalnymi zostali bp Józef Wysocki i ks. infułat Mieczysław Józefczyk). 11 maja 1992 w wyniku utworzenia diecezji elbląskiej powstał Sądu Diecezjalny w Elblągu. 17 maja 1992 odbył się ingres biskupa Andrzeja Śliwińskiego do katedry w Elblągu.
1 października 1993 erygowano Wyższe Seminarium Duchownego Diecezji Elbląskiej w Elblągu afiliowanego do Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie przez biskupa Andrzeja Śliwińskiego.
22 kwietnia 1995 nastąpiło poświęcenie odbudowanego gmachu kurii diecezjalnej przy ul. Mostowej w Elblągu przez arcybiskupa wrocławskiego Henryka Gulbinowicza.
6 grudnia 1998 nastąpiło poświęcenie (podczas otwarcia) archiwum diecezjalnego przez arcybiskupa gdańskiego Tadeusza Gocłowskiego.