Do 30 sierpnia 2004 Hanegbi był ministrem bezpieczeństwa wewnętrznego, sprawując zwierzchnictwo nad policją. Zrezygnował z tego stanowiska gdy rozpoczęło się śledztwo kryminalne w sprawie nielegalnych zatrudnień motywowanych politycznie. Pozostał ministrem bez teki, a później został ministrem ds. Jerozolimy i diaspory. W listopadzie 2005 Hanegbi został p.o. przewodniczącego Likudu (spowodowane to było odejściem Ariela Szarona). 6 grudnia 2005 wniesiono przeciwko niemu oskarżenie we wspomnianej już sprawie. Następnego dnia Hanegbi ogłosił opuszczenie Likudu i poparcie dla Kadimy Szarona. 10 grudnia zrezygnował z zasiadania w Knesecie, mandat po nim objęła Penina Rosenblum.
Powrócił do Knesetu po wyborach w 2006, z listy Kadimy, z której zyskał reelekcję w 2009. 9 listopada 2010 zrezygnował z zasiadania w parlamencie, miejsce po nim obsadziła Nino Abesadze. Powrócił do Likudu i z listy tego ugrupowania zdobywał mandat w 2013, 2015 i kwietniu 2019.