Rozmnażanie thumb|Skamieniałe jaja Do tej pory znaleziono osiem gniazd troodona. Wszystkie one pochodzą z formacji Two Medicine w Montanie. Zostały one oznaczone jako: MOR 246, 299, 393, 675, 676, 750, 963, 1139. Pierwsze z nich zostało odkryte przez znanego amerykańskiego paleontologa Jacka Hornera obok szkieletów i pojedynczych kości dinozaurów z rodzaju Orodromeus. Dlatego też początkowo uznał je za należące do tego rodzaju. W 1996 Horner i Weishampel przebadali embriony znajdujące się w jajach i uznali, że należą one do troodona, a nie orodroma. W 1997 Varricchio i inni opisali pięć jaj troodona (MOR 750), leżących obok dorosłego przedstawiciela tego gatunku (MOR 748). W tym samym roku przebadali oni też strukturę jaj troodona. Stwierdzono, że ich sposób rozmnażania był pośredni między sposobem rozmnażania krokodyli a ptaków. Jaja są zgrupowane parami, co sugeruje, że te zwierzęta miały dwa jajowody (jak krokodyle), a nie jeden (jak ptaki). Krokodyle znoszą więcej jaj niż ptaki, ale ich jaja są proporcjonalnie mniejsze niż ptasie. Masę jaj troodona oszacowano na 0,5 kg. Są więc proporcjonalnie większe niż jaja krokodyli, ale mniejsze niż ptaków.
Stwierdzono również, że troodony mogły składać pojedyncze jaja co kilka dni, a nie wszystkie razem.