W 1998 roku reaktywowano Fun Factory, jednak w zupełnie nowym składzie. Ich pierwszy album Next Generation ukazał się w 1999 r. i sprzedał się w 100 tys. egzemplarzy. Muzyka z tego albumu różniła się stylowo od pierwotnego Fun Factory i była w większości utrzymana w stylu hip-hop, reggae oraz pop. Single z tego albumu to np. „Sha-la-la-la-la”, „Party With Fun Factory” oraz „Fun Factory’s Millennium Theme”. Nazwę zamieniono na New Fun Factory aczkolwiek często używano pierwotnej. Ostatni album w tym składzie, ABC of Music, wydano w 2002 roku. Zespół New Fun Factory w drugiej odsłonie przetrwał do 2003 roku i ostatecznie przestał istnieć.
W 2005 roku reaktywowano grupę po raz kolejny, znów w całkowicie nowym składzie. Ich pierwszy singel „Ilarie” (2005) oraz kolejny „Be good to me” (2008) nie odniosły sukcesu. Nazwę zespołu zmodyfikowano w celach marketingowych na Fun Factory presents Buttons by dalej wypromować zespół Buttons. Po raz pierwszy Fun Factory w nowej odsłonie wystąpili w niemieckim programie ZDF Fernsehgarten, gdzie wykonali swoją niewydaną piosenkę „Fiesta De Samba”. Od tej pory podróżowali głównie po Niemczech, Polsce, Słowacji i Rumunii. Powstał jeszcze cover starego hitu „I Wanna B With U”.