W marcu 2004 roku wraz z trałowcami ORP Śniardwy i ORP Wdzydze oraz śmigłowcem ratowniczym Mi-14PS w akcji poszukiwania pilota samolotu Su-22 (w ostateczności pilot został uratowany przez załogę śmigłowca).
W dniach 14-17 listopada 2005 roku jednostka uczestniczyła w międzynarodowych ćwiczeniach POLISH PASSEX, wraz z niszczycielami min ORP Flaming, ORP Mewa, trałowcem ORP Gopło oraz z goszczącym w Gdyni zespołem SNMCMG 1.
W czerwcu 2007 roku ORP Wigry brały udział w międzynarodowych ćwiczeniach BALTOPS 07, wraz z ORP Śniardwy, okrętem podwodnym ORP Kondor i dwoma śmigłowcami Mi-14PŁ. We wrześniu 2008 roku okręt uczestniczył w krajowych manewrach Anakonda 08.
19 marca 2015 roku w brał udział w asystowaniu niszczycielowi min ORP Flaming podczas operacji podniesienia a następnie zniszczenia niemieckiej miny (blisko tona ładunku wybuchowego), która zalegała w mule w odległości 10 metrów od falochronu Portu Gdynia.