Duże wystawy prezentowane są w Galerii MCK znajdującej się na pierwszym piętrze kamienicy „Pod Kruki”, do 2008 r. posiadającej 300 m² przestrzeni wystawienniczej, a od 2009 r. dysponującej powiększoną przestrzenią liczącą łącznie 470 m². Kameralne wystawy oglądać można w gotyckich piwnicach, których trzy sale posiadają 120 m² przestrzeni wystawienniczej.
Archiwum wystaw 2010 Andreas Feininger. Nowy Jork, lata czterdzieste Melodia dwóch pieśni. Fotografie Marka Powera Dom miłośnika sztuki. Kultura artystyczna Czech i Moraw 1870-1930
2009 Parlament Europejski. Od środka Ingrid Ledent. Ciągłość pamięci Konrad Srzednicki. Poeta grafiki Alfred Hałasa – plakaty Bauhaus XX-XXI. Dziedzictwo wciąż żywe Wina i kara. Sprawiedliwość w grafice europejskiej XVI-XIX wieku
2008 Mroczna strona wyobraźni – sztuka Alfreda Kubina Pino Fedeli Współczesna sztuka belgijska. Między konstruktywizmem a figuracją Ocalić od zapomnienia Rzeka w przestrzeni miasta
2007 Świat przed katastrofą. Żydzi krakowscy w dwudziestoleciu międzywojennym Jože Plečnik (1872 – 1957) – architekt i wizjoner