Zanim jednak antybiotyk będzie mógł zadziałać w ten sposób, musi dostać się do wnętrza komórki bakteryjnej. Transport leku jest aktywny i zachodzi przy udziale tlenu i energii. Ulega zatem zahamowaniu w warunkach beztlenowych i przy niskim pH. Przenikanie do komórki bakteryjnej ulega nasileniu w obecności związków blokujących biosyntezę ściany – np. antybiotyków β-laktamowych. Z tego względu aminoglikozydy i β-laktamy wykazują synergizm działania. W wyższych stężeniach aminoglikozydy mogą również bezpośrednio uszkadzać błonę komórkową bakterii.
Nieco inny mechanizm działania ma streptomycyna. Wywołuje ona efekt przeciwbakteryjny dzięki niszczeniu kompleksu rybosomu z mRNA co również uniemożliwia komórce bakteryjnej syntezę białka.
Oporność drobnoustrojów na te antybiotyki może wynikać z: obecności bakteryjnych enzymów, które modyfikują i blokują wolne grupy -OH i -NH odpowiedzialne za działanie. zmiany sekwencji aminokwasów (budowy) rybosomu – antybiotyk nie może połączyć się z miejscem A w rybosomie i wywrzeć swojego działania
Działania niepożądane