Organizacja Karbonariusze zorganizowani byli na wzór masonerii, podzieleni na małe grupy rozrzucone po całych Włoszech. Mieli ustrój hierarchiczny. Wtajemniczeni wyższych stopni mieli inny światopogląd niż wtajemniczeni niższych stopni, którzy wyznawali swoiste poglądy religijne (kult Chrystusa jako pierwszej ofiary tyranów)Mieczysław Żywczyński, Historia Powszechna 1789-1870, Warszawa 2004, s. 241.. Karbonariusze łączyli się w namioty (vendita), te łączyły się w prowincje. Nie stworzono jednak jednej scentralizowanej organizacji we Włoszech. Celem karbonariuszy było zjednoczenie Włoch i wprowadzenie ustroju demokratycznego poprzez spontaniczną rewolucję klasy pracującej dowodzonej przez studentów i intelektualistów. Mieli oni duże poparcie wśród chłopów i drobnego mieszczaństwa. Zwracali się do siebie per dobry kuzynie (buon cugino), innych określali mianem pogan (pagani).
Relacje z Kościołem Karbonariusze byli antyklerykałami zarówno pod względem programu, jak i ideologii. Przeciw nim skierowane były papieskie encykliki Ecclesiam a Jesu Christo i Qui Pluribus. Autorstwo kontrowersyjnego dokumentu Alta Vendita, który wzywał do przejęcia Kościoła katolickiego, zostało przypisane najwyższej loży włoskich karbonariuszyJ. Cretineau-Joly, Kościół rzymski i rewolucja, t.