W latach 2003–2004 dyrektor MOSiR Nowy Dwór Mazowiecki .W maju 2004 roku został rzecznikiem prasowym Legii Warszawa. Funkcję tę sprawował do 1 grudnia kiedy objął w tym klubie posadę dyrektora sportowego. W Legii pracował do września 2005 roku, kiedy to jego obowiązki przejął nowy trener warszawskiej drużyny Dariusz Wdowczyk. Od 1 czerwca 2007 roku do 1 września 2009 roku był dyrektorem sportowym Wisły Kraków. 12 marca 2012 roku powrócił do Wisły na stanowisko wiceprezesa zarządu klubu do spraw sportowych. 5 lutego po rezygnacji dotychczasowego prezesa Wisły Rada Nadzorcza powierzyła mu funkcję pełniącego obowiązki prezesa klubu. Od 8 kwietnia 2013 do 25 sierpnia 2014 był prezesem Zarządu Wisły, przez ponad rok był to zarząd jednoosobowy. 25 sierpnia 2014 Jacek Bednarz po konflikcie z kibicami Wisły Kraków został odwołany ze stanowiska przez Radę Nadzorczą Wisły Kraków. W latach 2014–2016 Prokurent Zarządu Klubu Ruch Chorzów. W latach 2016–2017 członek Zarządu Spółki Akcyjnej Ekstraklasa SA.