Po doprowadzeniu internowanych do Warszawy, kapitan Drzewiecki oraz jego podkomendni walczyli w obronie miasta i dostali się do niewoli.
W marcu 1942 Drzewiecki wraz z trzydziestoma siedmioma innymi Polakami stanął przed niemieckim Sądem Specjalnym w Bydgoszczy. Wszystkim zarzucono zamordowanie 150 Niemców podczas marszu śmierci do Łowicza. Podczas procesu wyszło na jaw, że zgromadzone przez niemiecką prokuraturę dowody są mocno poszlakowe, a akt oskarżenia obfituje w niejasności i niedopowiedzenia. Sąd uznał jednak arbitralnie, że w czasie „marszu śmierci” zabito i raniono 49 Niemców, choć nie był w stanie wymienić ani jednej ofiary z imienia i nazwiska. W rezultacie dwudziestu jeden oskarżonych – w tym Drzewiecki – zostało skazanych na karę śmierci.
Kapitan Jan Drzewiecki został powieszony 1 lipca 1942 w garażu na zapleczu budynku Gestapo przy ul. Bydgoskiej w Toruniu, co było świadomym złamaniem postanowień III konwencji genewskiej, dotyczącej traktowania jeńców wojennych. Ciało kapitana Niemcy wywieźli do lasu w Olku i zakopali w młodym zagajniku.