Prokuratura litewska domagała się ekstradycji byłego właściciela klubu w związku z podejrzeniem o defraudacje prawie 308 milionów funtów w swoich trzech klubach: FBK, Partyzan Mińsk oraz Heart of Midlothian.
Sukcesy Mistrz Litwy: 1986, 1989 (jako Banga Kowno), 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2006 (jako FBK Kowno) Puchar Litwy: 1989 (jako Banga Kowno), 1995, 2002, 2004, 2005 (jako FBK Kowno) III runda kwalifikacji Ligi Mistrzów 2008/09
Chronologia nazw 1960-1994: Banga Kowno 1994-1999: FBK Kaunas 1999-2000: Žalgiris Kowno Od 2000: FBK Kaunas
Europejskie puchary
Sezon Rozgrywki Runda Przeciwnik Dom Wyjazd Ogólnie 1996 Puchar Intertoto Grupa 5 Lillestrøm SK 1–4 4. miejsce FC Nantes 1–3 Sligo Rovers 1–0 Heerenveen 1–3 1997 Puchar Intertoto Grupa 6 Samsunspor 0–1 3. miejsce Leiftur 3–2 Hamburger SV 1–2 Odense BK 2–2 1999/00 Puchar UEFA Q Maccabi Tel Awiw 2–1 1–3 3–4 2000/01 Liga Mistrzów 1Q NK Brotnjo 4–0 0–3 4–3 2Q Rangers 0–0 1–4 1–4 2001/02 Liga Mistrzów 1Q Słoga Skopje 1–1 0–0 1–1, w. 2002/03 Liga Mistrzów 1Q Dinamo Tirana 2–3 0–0 2–3 2003/04 Liga Mistrzów 1Q Havnar Bóltfelag 4–1 1–0 5–1 2Q Celtic F.C.