Dzięki staraniom Jana Bugenhagena wzrósł poziom szkolnictwa w mieście, a trzebiatowska Szkoła Łacińska i jej humanistyczny program stała się wiodącym ośrodkiem oświatowym na Pomorzu Zachodnim.
W 1509 roku Bugenhagen przyjął święcenia kapłańskie i został wikariuszem przy kościele parafialnym w Trzebiatowie. Ponadto w macierzystym klasztorze w Białobokach pełnił w tym czasie obowiązki notariusza, księdza kaznodziei, a także historyka. W 1518 roku ukończył pisanie monumentalnego dzieła o historii miast pomorskich Pomerania. Zawarł w nim syntezę historii kraju, ale także poświęcił dużo uwagi działalności misyjnej Ottona z Bambergu.
Udział w organizacji ruchu reformacyjnego Od 1520 roku Bugenhagen zajmował się badaniem pism i wystąpień saksońskiego augustianina Marcina Lutra. Wnikliwa lektura dzieła "O babilońskiej niewoli Kościoła" () w 1520 roku, które początkowo uznał za przejaw poważnej herezji, spowodowała u niego zmianę dotychczasowego patrzenia na religię i po głębszej analizie konwersję na luteranizm i przyjęcie nauk reformacyjnych. Wkrótce stał się ich gorliwym propagatorem. Bugenhagen skupił wokół siebie krąg duchownych, mieszczan, studentów i zaczął organizować pierwszą wspólnotę ewangelicką w Trzebiatowie. Stała się ona zaczątkiem reformacji na Pomorzu.