Po proklamacji cesarskiej Napoleona (1804) Eugeniusz otrzymał godność księcia francuskiego (Prince français) z tytułem „Cesarskiej Wysokości”, krzyż Wielkiego Oficera Legii Honorowej i stopień generała brygady. Nie był uprawniony do dziedziczenia tronu francuskiego, ale Napoleon przewidywał dla niego sukcesję w Królestwie Italii.
Dalsze godności posypały się w szybkim tempie: 1805 – Eugeniusz został wicekrólem Italii, 1806 – otrzymał tytuł księcia Wenecji. Po narodzinach późniejszego Napoleona II, którego tytułowano królem Rzymu, Eugeniusz, odwołany ze stanowiska wicekróla, otrzymał godność wielkiego księcia Frankfurtu, ale władzy tam nigdy nie objął, gdyż ówczesny władca, były elektor Moguncji, Karl Teodor von Dalberg, przekazał mu tron dopiero w 1813 r., gdy zbliżał się już upadek Napoleona.
W czasie dalszych wojen napoleońskich Beauharnais dowodził IV korpusem włoskim i walczył w bitwach pod Aspern, Borodino i w 1813 pod Lipskiem. Później bronił Włoch przed Austriakami, dowodząc Korpusem Obserwacyjnym Italii w latach 1813–1814.