W 2002 dołączyła do Partii Ludowej na rzecz Wolności i Demokracji. 27 maja 2003 objęła stanowisko ministra bez teki do spraw imigracji i integracji w drugim rządzie Jana Petera Balkenende. Pozostała na tym urzędzie również w utworzonym 7 lipca 2006 trzecim gabinecie tego premiera. Od 21 do 22 września 2006 jednocześnie czasowo zarządzała Ministerstwem Sprawiedliwości w związku z rezygnacją Pieta Heina Donnera. 14 grudnia 2006 zmieniono jej zakres obowiązków, powierzając jej funkcję ministra ds. integracji, ochrony i prewencji młodzieży, którą pełniła do 22 lutego 2007.
Jako minister Rita Verdonk prowadziła restrykcyjną politykę imigracyjną i azylową, zyskując osobistą znaczną popularność. Aby zmniejszyć imigrację poprzez małżeństwo, zaproponowała podniesienie wieku uprawniającego do przyjazdu do 21 lat i ograniczenie dopuszczalności przyjazdu małżonka jedynie do tych sytuacji, gdy holenderski współmałżonek zarabia ponad 120% płacy minimalnej. Odmówiła zezwolenia na amnestię dla 26 tys. osób, które ubiegały się o azyl, a po wydaniu decyzji odmownej nielegalnie pozostawały przez co najmniej 5 lat na terytorium Holandii. Przeforsowała prawo wprowadzające obowiązkowe egzaminy dla imigrantów (m.in. spoza UE oraz USA, Kanady i Japonii) testujące znajomość języka niderlandzkiego czy holenderskich zwyczajów.