Głównymi punktowymi źródłami zanieczyszczeń rzeki Dajny są: ścieki komunalne z Zakładu Gospodarki Komunalnej i Mieszkaniowej w Pieckach, w ilości około 450m³/d (kontrola z listopada 1998) oczyszczane mechaniczno-biologicznie z chemicznym strącaniem fosforu. ścieki bytowe z Ośrodka Wypoczynkowego w Wierzbowie w ilości 6,6m³/d (kontrola z lipca 1999), oczyszczane mechaniczno-biologiczne. Ponadto do jeziora Juno odprowadzane są ścieki: przez rów melioracyjny z mechaniczno-biologicznej oczyszczalni z chemicznym strącaniem fosforu, oczyszczalnia dla Mrągowa w Polskiej Wsi (kontrola z marca 1998 – 3150m³/d ścieków komunalnych, z mleczarni w Mrągowie, około 1300 m³/d ścieków technologicznych i socjalno-bytowych (kontrola z września 1999 r.), oczyszczalnia mechaniczno-biologiczna z chemicznym strącaniem fosforu. Poniżej jeziora Dejnowa, rzeka nie przyjmuje zanieczyszczeń ze źródeł punktowych.
Badania czystości wód prowadzone przez WIOŚ w Olsztynie w dwóch punktach: poniżej jeziora Czos w Mrągowie, oraz powyżej ujścia do rzeki Guber w Smokowie (rok 1999).
Jakość wód rzeki Dajny w Mrągowie odpowiadała II klasie czystości, w Smokowie – III klasie czystości.