Po powstaniu autonomicznej republiki Baszkortostanu władze zdecydowały 26 listopada 1990 o rozpisaniu konkursu na projekt nowych symboli republiki. Zgłoszono 40 projektów flag, największe poparcie zyskał projekt nawiązujący kolorystycznie do flagi z 1918 ze złotym stylizowanym kurajem w centralnej części. Jego autorami byli: Olga Jewgienijewna Asabina oraz Urał Temirbułatowicz Masalimow, zaś sam kuraj był autorstwa Niła Zinnatowicza Chabibullina i powstał w latach 60. XX wieku jako wygaszacz ekranu telewizyjnego podczas dni kultury baszkirskiej w Leningradzie. Ze względu na ustanowienie w 1991 identycznej flagi przez Republikę Komi zdecydowano o zamianie kolejności kolorów: białego i zielonego. Taki projekt został ostatecznie ustanowiony przez parlament Republiki 25 lutego 1992 uchwałami nr ВС-10/17 oraz ВС-10/18.
Od 2001 w rocznicę ustanowienia symbolu obchodzony jest Dzień Flagi Baszkortostanu. W 2003 miała miejsce niewielka zmiana projektu: pod naciskiem władz rosyjskich zmieniono proporcje z 1:2 do 2:3.