Wstąpił do zakonu jezuitów 1 listopada 1960 i w Kaliszu odbył dwuletni nowicjat w byłym klasztorze bernardyńskim należącym do Jezuitów; do Jezuitów należał 52 lata aż do śmierci. W latach 1962–1965 studiował filozofię na Wydziale Filozoficznym Towarzystwa Jezusowego w Krakowie, gdzie uzyskał stopień licencjata filozofii. Tematem pracy licencjackiej była interpretacja książki pozytywisty Jana Łukasiewicza „O zasadzie sprzeczności u Arystotelesa” (tj. o zasadzie, że jest rzeczą niemożliwą, żeby coś równocześnie i pod tym samym względem przysługiwało czemuś innemu i nie przysługiwało). Był wtedy pod wpływem prac niemieckiego jezuity Paula Overhage, zwłaszcza jego poglądów paleoantropologicznych i poglądów dotyczących ewolucji i mechanizmów ewolucji. Po wykładach filozofii doszedł do wniosku, że wiedza biologiczna powinna być zreinterpretowana. Następnie studiował na Wydziale Teologicznym Bobolanum w Warszawie (1965-1969) gdzie uzyskał stopień licencjata teologii pisząc pracę dotyczącą analizy podręczników psychiatrii i pojęć religijnych w tych podręcznikach. Ćwiczenia psychiatrii odbywał na studiach medycznych u Joanny Flatau. Święcenia kapłańskie przyjął 17 czerwca 1968 roku. Od 1971 rozpoczął drugie studia doktoranckie na Uniwersytecie Gregoriańskim w Rzymie.