5 maja 1927 roku otrzymał przeniesienie do Korpusu Ochrony Pogranicza na stanowisko dowódcy 20 batalionu granicznego w Nowych Święcianach. 24 grudnia 1929 roku został awansowany na podpułkownika ze starszeństwem z dniem 1 stycznia 1930 roku i 39. lokatą w korpusie oficerów piechoty. W marcu 1931 roku wyznaczony został na stanowisko zastępcy dowódcy 78 pułku piechoty w Baranowiczach.
14 listopada 1935 objął dowództwo 13 pułku piechoty w Pułtusku. Na pułkownika awansowany ze starszeństwem z dniem 19 marca 1938 roku i 23. lokatą w korpusie oficerów piechoty. Od października 1938 roku do września 1939 roku był zastępcą szefa Gabinetu Wojskowego Prezydenta RP. thumb|left|Płk Józef Kobyłecki w 1940 thumb|Prezydent Ignacy Mościcki i pracownicy Gabinetu Wojskowego Prezydenta RP; płk Józef Kobyłecki 2 z lewej; 1938 r. thumb|Uroczystość wręczenia sztandaru Samodzielnej Brygadzie Strzelców Podhalańskich - Malestroit, 1940-04-10