Stacja metra została również połączona za pomocą przejść podziemnych z peronami dworca kolejowego Warszawa Gdańska oraz osiedlami leżącymi na północ od torów kolejowych.
W maju 2008 roku zostało podpisane porozumienie pomiędzy Metrem Warszawskim a PKP Polskie Linie Kolejowe S.A Oddział Regionalny w Warszawie, dotyczące budowy przejścia podziemnego dla pieszych pod torami stacji PKP Warszawa Gdańska, łączącego stację metra Dworzec Gdański z peronami stacji kolejowej i południowym Żoliborzem. Jednocześnie z tymi pracami trwała rozbudowa infrastruktury kolejowej. Przejście zostało zbudowane na jesieni 2010 roku, jednak przedłużające się odbiory techniczne i braki w dokumentacjiGazeta.pl Kiedy w końcu otworzą tunel przy Dworcu Gdańskim? sprawiły, że zostało ono udostępnione dla pieszych dopiero 28 lutego 2011 r.
Dane techniczne stacji Powierzchnia stacji – 6 864,10 m²: część podziemna: 6 553,40 m², część nadziemna: 310,7 m². kubatura – 43 900 m³. Długość stacji 156 m. Szerokość stacji 20,4 m. Zagłębienie – 11,5 m poniżej poziomu terenu. Za stacją Dworzec Gdański od strony południowej znajduje się połączenie między torem 1 i 2.