Generalność nakazała schwytanie Kossakowskiego Kazimierzowi Pułaskiemu. Kossakowski jednak przedarł się na Litwę, gdzie odniósł wiele zwycięstw nad Rosjanami. Sformował jeden z najbardziej ruchliwych oddziałów barskich w sile 4 000 ludzi. Dokonał nawet brawurowego wypadu do Rosji, na Smoleńszczyznę, alarmując garnizony rosyjskie w Pskowie. Przeprowadził najdłuższy rajd konfederacji barskiej, przeprawiając się przez Kurlandię, Prusy i Mazowsze do Wielkopolski. Nazwany został wówczas litewskim Pułaskim.
W 1775 roku pogodził się z królem i stał się jednym z przywódców partii rosyjskiej w Rzeczypospolitej. W latach 1786–1788 zasiadał w Radzie Nieustającej. W 1790 roku wstąpił w randze generała-majora do armii rosyjskiej walczącej z Turkami na Bałkanach. Od października 1791 roku spiskował z Sewerynem Rzewuskim i Szczęsnym Potockim w Jassach, gdzie przygotowywano późniejszą konfederację targowicką.