Zamach stanu 30 czerwca 1989 wraz z grupą oficerów przeprowadził zamach stanu przeciwko premierowi Sadikowi al-Mahdiemu. Zamach ten miał na celu zapobiec ugodzie z Ludową Armią Wyzwolenia Sudanu (SPLA). Generał Baszir sprzeciwił się realizacji porozumienia, które umożliwiało wprowadzenie prawa świeckiego na południu kraju. Baszir ogłosił się szefem Rewolucyjnej Rady Ocalenia Narodowego, składającej się z 15 członków i wydał dekret konstytucyjny rozwiązujący rząd. W kolejnych dekretach doprowadził do rozwiązania partii politycznych oraz związków zawodowych. W obawie przed niezadowoleniem społeczeństwa i próbami obalenia, wprowadził stan wyjątkowy oraz zakaz demonstracji antyrewolucyjnych.
W kwietniu 1990 roku zostało straconych 31 oficerów policyjnych i wojskowych po domniemanej próbie zamachu stanu. Dziennikarze i dyplomacja oskarżała Baszira, że był to jedynie pretekst dla usunięcia podejrzanych oficerów. W marcu 1991 roku uchwalono ustawę wprowadzającą prawo szariatu we wszystkich prowincjach kraju z wyjątkiem południa.
Prezydentura 16 października 1993 Rewolucyjna Rada Ocalenia Narodowego uległa rozwiązaniu.