Podczas procesu zakończonego 13 marca 1980 został skazany na karę śmierci poprzez wstrzyknięcie trucizny, którą wykonano 10 maja 1994 w .
Życiorys Dzieciństwo i młodość Urodził się 17 marca 1942 w chicagowskim Edgewater Hospital jako drugie z trójki dzieci Johna Stanleya Gacy’ego i Marion Elaine Robison. Jego ojciec był mechanikiem samochodowym i weteranem I wojny światowej, a matka gospodynią domową. Rodzice byli katolikami, po których Gacy odziedziczył polskie i duńskie pochodzenie.
W dzieciństwie był blisko z matką i dwiema siostrami, miał jednak trudne relacje z ojcem – alkoholikiem fizycznie i psychicznie znęcającym się nad rodziną. Ojciec wielokrotnie poniżał Gacy’ego, nazywając „głupim i tępym” oraz porównując nieprzychylnie do sióstr. Gacy stwierdził, że jednym z jego najwcześniejszych wspomnień jest to, jak w wieku czterech lat dostał lanie od ojca za nieumyślne przestawienie części silnika. Matka próbowała bronić go przed Stanleyem, w wyniku czego ten zaczął nazywać go „mięczakiem” i „maminsynkiem”, który „pewnie wyrośnie na pedała”. W 1949 ojciec wychłostał go za to, że wraz z innym chłopcem napastowali seksualnie dziewczynkę. W tym samym roku przyjaciel rodziny zaczął molestować Gacy’ego, o czym ten nigdy nie powiedział ojcu, obawiając się, że zostanie obarczony za to winą.