Na czele rządu Filip Vujanović stał od lutego 1998 do listopada 2002, kiedy to został wybrany na przewodniczącego Zgromadzenia Czarnogóry. W tym samym miesiącu został też pełniącym obowiązki głowy państwa. Od końca lat 90., podobnie jak Milo Đukanović, stał się zwolennikiem stopniowego dochodzenia do niepodległości Czarnogóry.
W grudniu 2002 i w lutym 2003 kandydował dwukrotnie w wyborach prezydenckich, zwyciężał w nich ze znaczną przewagą, jednak wybory okazywały się nieważne z uwagi na frekwencję poniżej 50%. Wystartował w kolejnych wyborach w maju 2003, w których wymóg określonej frekwencji dla ich ważności został zniesiony, wygrywając w pierwszej turze. Urząd głowy państwa objął w tym samym miesiącu. Kandydował z powodzeniem także w dwóch kolejnych wyborach, przeprowadzanych już po uzyskaniu przez kraj pełnej niepodległości – w 2008 w pierwszej turze otrzymał 51,9% głosów, a w 2013 w pierwszej turze poparło go 51,2% głosujących.