Członkowie komisji zostali powołani po raz pierwszy rozporządzeniem ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z dnia 20 stycznia 2000.
Pierwszym przewodniczącym mianowany został Stefan Krzysztof Kuczyński, który stanowisko piastował w latach 2000–2007, a w związku z jego absencją od 2007 zadania przewodniczącego przejął dotychczasowy zastępca Henryk Seroka. Od roku 2008 do 2024 funkcję przewodniczącego komisji sprawował Paweł Dudziński. W związku z wnioskiem ministra kultury i dziedzictwa narodowego Piotra Glińskiego z dnia 29 grudnia 2022 r. o odwołanie Pawła Dudzińskiego ze składu Komisji Heraldycznej, funkcję przewodniczącego przejął z dniem 26 kwietnia 2024 roku Jan Wroniszewski.
W kwietniu 2024 roku, w odpowiedzi na postulaty wprowadzenia do składu Komisji Heraldycznej ekspertów z dziedziny sztuk plastycznych, w miejsce odwołanego Pawła Dudzińskiego, na wniosek ministra kultury i dziedzictwa narodowego powołana została dr hab. Anna Myczkowska-Szczerska – profesor Akademii Sztuk Plastycznych im.