Jego średnia głębokość wynosi 2878 m, a maksymalna 6820 m. Na zachodzie i południu znajduje się głęboki do ok. 500 m szelf antarktyczny. Szelf kontynentalny w innych częściach świata sięga ok. 200 m, duża głbokość szelfu antarktycznego spowodowana jest naciskiem anatryktycznej pokrywy lodowej. Szelf ma do 50 km szerokości na wschodzie, ok. 500 km na południu i ok. 100 km na zachodzie.
125 px|thumb|left|Morze Weddella pokryte spękanym lodem, 2011 Morze Weddella charakteryzuje się długotrwałą obecnością lodu, przy czym najmniej lodu występuje w marcu a najwięcej we wrześniu. Lód wieloletni utrzymuje się w zachodniej części akwenu, gdzie pokrywa lodowa sięga 2,5 m. Na wschodzie morze wolne jest od lodu w okresie letnim. W strefie przybrzeżnej (o szerokości ok. 50 km) występują lodowce szelfowe (m.in. Lodowiec Szelfowy Ronne, Filchnera i Larsena), połynie i paki lodowe. Lód na morzu dryfuje wskutek ruchu cyrkulacyjnego wiru Weddell Gyre.
W Morzu Weddella tworzy się zimna, bogata w tlen, gęsta woda zasilająca antarktyczną wodę przydenną, która przemieszcza się nad dnem Oceanu Atlantyckiego do równika i także w głębiny Oceanu Indyjskiego.