Na podium stanął także jedenaście dni później w Sapporo, gdzie był drugi w biegu łączonym na 30 km, przegrywając tylko ze Szwedem Mathiasem Fredrikssonem. W klasyfikacji generalnej Norweg zajął czternaste miejsce. Na przełomie stycznia i lutego 2006 roku startował na mistrzostwach świata juniorów w Kranju, gdzie zdominował rywalizację, zdobywając złote medale we wszystkich czterech konkurencjach: sprincie stylem dowolnym, biegu łączonym na 20 km, biegu na 10 km klasykiem oraz w sztafecie. W tym samym roku został także mistrzem Norwegii w biegu łączonym oraz w sztafecie, jednak nie został członkiem kadry Norwegii na igrzyska olimpijskie w Turynie.
W sezonie 2006/2007 wystartował w pierwszej edycji Tour de Ski, punktując w każdym z etapów. Trzykrotnie plasował się w czołowej dziesiątce, przy czym raz stanął na podium - 5 stycznia 2007 roku w Asiago był trzeci w sprincie stylem dowolnym. W klasyfikacji końcowej tych zawodów był czwarty, przegrywając walkę o trzecie miejsce ze swym rodakiem, Simenem Østensenem o niecałe 17 sekund. Dwa tygodnie po zakończeniu Tour de Ski Northug został mistrzem Norwegii w biegu na 15 km techniką dowolną. W pozostałych zawodach pucharowych trzykrotnie plasował się w pierwszej dziesiątce, w tym raz stając na podium: 10 marca w Lahti zwyciężył w sprincie stylem dowolnym.