Pierwsza wzmianka o wsi Zesławice pochodzi z 1348 r., kiedy była własnością zakonu cystersów w Mogile. Prawdopodobnie stan ten nie uległ zmianie do roku 1832, kiedy Komisja Włościańska oczynszowała Zesławice wraz z innymi wsiami należącymi do Cystersów. Od powstania podlegała parafii w Raciborowicach, podobnie jak wszystkie okoliczne wsie. W XVIII w. w Zesławicach była karczma, folwark i młyn na potoku Baranówka zwany Blechem.
W ramach rozbudowy Twierdzy Kraków w latach 1892–1896 w bezpośrednim sąsiedztwie Zesławic wybudowano fort pancerny „Dłubnia”, którego zadaniem było ryglowanie doliny Dłubni. Miał współpracować z położonym na wschodzie krzesławickim i mistrzejowickim na zachodzie. Nie zachował się szaniec piechoty № IS.VI.1.
W 1914 roku w ramach przygotowań do oblężenia Twierdzy Kraków, zabudowania Zesławic zostały całkowicie rozebrane, a mieszkańcy wysiedleni(częściowo do Krakowa). Czyszczeniem przedpól fortów objęto wówczas większość okolicznych wsi. Po zakończeniu działań wojennych zezwolono na ponowną zabudowę i z tego okresu zachowało się (do pocz. XXI wieku) kilka drewnianych domów (nr.: 14, 19, 21).
1 stycznia 1951 Zesławice zostały włączone do Krakowa jako LVI dzielnica katastralna.