Uczestniczył też w drugiej podróży Zygmunta III do Szwecji (lipiec – październik 1598). W 2. poł 1600 otrzymał nominację na biskupa przemyskiego, objął je oficjalnie 16 maja 1601. Przeprowadziwszy 29 grudnia 1601 wizytację kanoniczną kościoła katedralnego, uczestniczył w początku stycznia 1602 w posiedzeniu kapituły oraz wizytował kościoły w kilku miejscowościach. Kontynuowanie wizytacji zlecił w styczniu 1603 dziekanom. 12 kwietnia 1603 wydał instrukcję określającą dokładnie obowiązki dziekanów oraz sposób przeprowadzania przez nich wizytacji. W latach 1603–1604 przebywał głównie w swojej rezydencji biskupiej w Brzozowie, skąd wydawał poszczególne akty dotyczące spraw diecezji. 28 lutego 1604 ogłosił list pasterski do duchowieństwa, zalecający stosowanie kar kościelnych w stosunku do uprawiających lichwę i zatrzymujących dziesięciny kościelne, a także napominanie wiernych, aby nie zawierali kontraktów dzierżawnych z Żydami. Po śmierci prymasa Jana Tarnowskiego jeździł do Łowicza, by jako egzekutor testamentu zająć się pogrzebem i realizacją ostatniej woli zmarłego. 7 października 1606 roku podpisał ugodę pod JanowcemAlexander Rembowski, Rokosz Zebrzydowskiego : materyały historyczne poprzedzone przedmową i rozprawą pod tytułem Konfederacya i rokosz w dawnem prawie państwowem polskiem, Warszawa 1893, s. 213..