Kariera tenisowa Marija Kirilenko rozpoczęła przygodę z tenisem jako siedmiolatka, kiedy to jej ojciec Jurij zaprowadził ją na korty tenisowe moskiewskiego klubu Dynamo. W mniej niż rok od rozpoczęcia treningów tenisistka wygrała swój pierwszy turniej. Niedługo została najlepszą zawodniczką w Rosji w swojej grupie wiekowej. Po kilku latach treningu na kortach moskiewskich klubów Dynamo i CSKA, w wieku dwunastu lat na Kirilenko zwróciła swoją uwagę ukraińska trenerka Jelena Briuchowiec. Po roku obserwacji młodej zawodniczki zaproponowała jej swoją pomoc. Trzyletni program treningowy zaplanowany specjalnie dla Marii przyniósł doskonały efekt. Została ona najlepszą tenisistką na świecie w swojej grupie wiekowej i drugą w grupie do 18 lat. Znani gracze tenisowi Jewgienij Kafielnikow, Andriej Olchowski i Maks Mirny, którzy stworzyli organizację pomagającą młodym tenisistom, pomogli jej w ułożeniu i dopasowaniu programu treningowego oraz wyjazdach na turnieje tenisowe.