Dwa lata później wystartowała w mitingu lekkoatletycznym Golden League. W Rzymie na 100 metrów była druga za jej największą rywalką z Jamajki – Sherone Simpson, z rezultatem 10,91 s. W Paryżu jednak okazała się lepsza i wygrała rezultatem 10,92 s. Potem została oskarżona o stosowanie niedozwolonych środków dopingujących (erytropoetyny – EPO). Według agencji Reuters i amerykańskiej prasy („Los Angeles Times” i „Washington Post”) pozytywny wynik dały badania próbki A. Kontrola została przeprowadzona w czerwcu podczas mistrzostw USA w Indianapolis, gdzie 30-letnia Jones wygrała bieg na 100 m wynikiem 11,10 s, zdobywając czternasty tytuł mistrzyni kraju, a piąty na tym dystansie. Wynik próbki B okazał się negatywny i Jones została oczyszczona z zarzutów.

Była twarzą firmy sportowej Nike. Wzięła udział w kampanii propagującej picie mleka. Założyła fundację wspierającą dzieci i młodzież do czynnego uprawiania sportu. Książki biograficzne o Marion Jones to m.in.: See how she runs, The Fastest Woman in the World, Life in the Fast Lane, Fast and Fearless, World Class Runner.

Absolwentka Uniwersytetu Karoliny Północnej.

Jest żoną Obadele Thompsona (od 2007 roku).