Pierwsze miejsce zajął także w klasyfikacji dystansowej.
W sezonie 2008/2009 dwukrotnie stanął na podium: 30 listopada w Ruce był drugi w biegu na 15 km stylem klasycznym, a 24 stycznia 2009 roku zwyciężył na tym samym dystansie. Trzecią edycję Tour de Ski ukończył na dziesiątym miejscu, nie stając na podium w żadnym z etapów. W klasyfikacji generalnej był tym razem dziewiąty, a w klasyfikacji dystansowej zajął piąte miejsce. Na mistrzostwach świata w Libercu zdobył srebrny medal w biegu na 15 km stylem klasycznym, ulegając tylko Andrusowi Veerpalu, a wyprzedzając bezpośrednio Mattiego Heikkinena z Finlandii. Indywidualnie wystąpił także w biegu łączonym na 30 km, w którym zajął 25. miejsce, a w sztafecie Czesi zajęli jedenaste miejsce. W 2009 roku zdobył także kolejne dwa tytuły mistrza Czech: w biegu na 10 km klasykiem oraz 15 km stylem dowolnym.
Z rozgrywanych rok później igrzysk olimpijskich Vancouver przywiózł dwa brązowe medale. W biegu na 15 km techniką dowolną wyprzedzili go tylko Szwajcar Dario Cologna oraz Włoch Pietro Piller Cottrer. Ponadto wspólnie z Martinem Jakšem, Jiřím Magálem i Martinem Koukalem zając trzecie miejsce w sztafecie.