Od połowy lat 60. XIX w. był pod wpływem islamu, propagowanego przez arabskich handlarzy z wybrzeża wschodniego. Przez dziesięć lat (1867–1877) przestrzegał ramadanu, a Mehmed Emin Pasza (1840–1892) relacjonując swoją wizytę na dworze Mutesy I w poł. lat 70. XIX w., odnotował, że władca siedział na dywanie perskim ubrany w strój arabski z turbanem na głowie, a jego ministrowie mówili płynnie po arabsku. Według późniejszego premiera Bugandy Apolo Kagwy (1864–1927), Mutesa I miał później czytać i pisać zarówno po arabsku jak i w suahili. Mutesa I miał również wprowadzić kalendarz muzułmański oraz nakaz modlitwy pięć razy dziennie, a także wznieść meczety w każdej swojej stolicy. Sam miał jednak odmówić obrzezania. Islam pozwolił mu na dalsze scentralizowanie władzy – ograniczenie wpływów kapłanów i przywódców klanów i wzmocnienie pozycji w królestwie. W 1875 roku dokonał egzekucji poddanych, którzy nie przeszli na islam.