Po wprowadzeniu poprawek w konstytucji kraju, ograniczających długość trwania kadencji prezydenta, 23 lutego 2006 w Ugandzie przeprowadzone zostały wybory prezydenckie. Museveni zdobył wówczas 59% głosów. Wybory nie zostały uznane za demokratyczne ze względu na naruszenia ordynacji wyborczej. Główny oponent Museveniego w wyborach, Kizza Besigye został oskarżony o przestępstwa kryminalne i uwięziony, co doprowadziło do zamieszek w Kampali i okolicznych miejscowościach. Besigye został uniewinniony i uwolniony trzy tygodnie przed terminem wyborów. Mimo więzienia, Besigye zdobył w wyborach 37% głosów.
W 2009 roku MSNBC i NPR poinformowały o śledztwie Jeffa Sharleta dotyczącym powiązań między Musevenim a amerykańską fundamentalistyczną organizacją chrześcijańską The Fellowship (znaną również jako „The Family”). Sharlet informuje, że Douglas Coe, lider The Fellowship, zidentyfikował Museveniego jako „kluczowego człowieka organizacji w Afryce”.
W wyborach prezydenckich przeprowadzonych 18 lutego 2011, Museveni odniósł zwycięstwo już w pierwszej turze. Zdobył 68,38% głosów pokonując siedmiu kontrkandydatów przy frekwencji wynoszącej 59%.