Kościół, położony przy murach miejskich i przy jednym z głównych bastionów fortyfikacji miejskich przy Bramie Świdnickiej, stanowił też obiekt o znaczeniu strategicznym (niektóre, nieistniejące już dziś, wieżyczki tego kościoła służyły bezpośrednio celom obronnym), co zresztą w jego historii odbiło się kilkakrotnie bardzo boleśnie.
W następnych dziesięcioleciach kilkakrotnie jeszcze przebudowywany; w 1700 przekształcono jego wnętrze w duchu baroku. 21 czerwca 1749 – podczas eksplozji baszty prochowej nieopodal skrzyżowania dzisiejszej ul. Włodkowica z Krupniczą, odległej o około pół kilometra – mocno ucierpiał. Od 1758 do 1763 (podczas wojny siedmioletniej) służył jako magazyn zbożowy. Pomimo późniejszych kosztownych remontów został ponownie zajęty i zdewastowany przez obrońców miasta – najpierw w latach 1778–1790, później w obliczu nadciągających wojsk napoleońskich w 1805–1806. Remont z 1810 roku pochłonął blisko sześć tysięcy talarów, ale już w 1813 budynek znów zaczął służyć wojsku jako schronienie dla jeńców wojennych i jako szpital.
W 1826 kościół przejęło państwo pruskie i w tym też czasie rozebrano przejście nad ul. Świdnicką. Od lat 30. XIX wieku datują się kolejne remonty i naprawy kościoła, które trwały blisko pół wieku.