Fabuła Akcja dodatku rozpoczyna się bezpośrednio po zakończeniu wydarzeń z Half-Life 2 w wyniszczonym walkami City 17. Główny bohater Gordon Freeman został wyciągnięty z zawieszenia przez Vortiguanty, które miały wobec niego inne plany niż G-man. Ratują one także Alyx Vance. Bohaterowie zostają przeniesieni na teren tuż obok cytadeli.
Freemana pod stertą gruzu odnajduje robot o imieniu Dog. Następnie Alyx kontaktuje się z ojcem, Elim Vance’em. Towarzyszący mu doktor Kleiner mówi jej, że główny reaktor może w każdej chwili eksplodować niszcząc całe miasto i radzi bohaterom go dezaktywować. W dostaniu się do cytadeli pomaga im Dog – wsiadają do rozbitego samochodu, którym robot rzuca w stronę wyrwy w ścianie budynku. Podłoga się zapada, a Gordon i Alyx trafiają na niższe piętra. Po walkach z Kombinatem odnajdują rdzeń reaktora, który zasila całą cytadelę i w każdej chwili może wybuchnąć. Gordon uruchamia trzy działa, które stabilizują rdzeń, odwlekając jego eksplozję, po czym powraca do Alyx. Okazuje się, że żołnierze celowo chcieli przyspieszyć wybuch cytadeli, aby wysłać wiadomość do świata Kombinatu. Alyx zabiera ze sobą kopię tej wiadomości, po czym po raz pierwszy bohaterowie widzą Combine Advisora.