W 2001 nie uzyskał poselskiej reelekcji.
Należał do Ruchu Społecznego AWS, później przystąpił do Platformy Obywatelskiej. Z jej listy w wyborach parlamentarnych w 2005 został wybrany na posła V kadencji w okręgu płockim, powracając do Sejmu po czteroletniej przerwie; otrzymał wtedy 7475 głosów. W wyborach parlamentarnych w 2007 po raz trzeci uzyskał mandat poselski, otrzymując 10 770 głosów. W wyborach do Sejmu w 2011 z powodzeniem ubiegał się o reelekcję, dostał 11 000 głosów. Nie kandydował w kolejnych wyborach w 2015. W ramach KP PO reprezentował konserwatywną grupę posłów; opowiadał się przeciwko związkom partnerskim i głosował przeciwko odrzuceniu projektu zaostrzenia przepisów dotyczących aborcji.
Według portalu Money.pl Mirosław Koźlakiewicz w 2011 był najbogatszym posłem z majątkiem wycenianym na 52,6 mln zł. Zarządzał wówczas dwoma fermami drobiu i czterema gospodarstwami rolnymi. W 2013 był trzecim posłem z największym długiem wynoszącym 4,3 mln zł wynikającym z kredytów. Z powodu swojej profesji zawodowej określano go mianem „króla drobiu”. W 2015 jego majątek wynosił około 35 mln zł, przestał być wtedy najbogatszym posłem w Sejmie.