Warstwa podstawna stanowi materiał zapasowy, z którego odbudowuje się warstwa czynnościowa na początku cyklu miesięcznego.

W fazie folikularnej podwyższone i narastające stężenie estrogenów powoduje proliferację komórek podścieliska, rozrost cew gruczołowych (w ich komórkach gromadzi się glikogen) i naczyń krwionośnych spiralnych. W tym okresie błona śluzowa kilkakrotnie grubieje i odtwarza się nabłonek gruczołowy wyściełający jamę macicy.

Rozbudowujące się w jajniku ciałko żółte zaczyna wydzielać progesteron i cykl przechodzi w fazę lutealną. Komórki endometrium dojrzewają i tracą zdolności mitotyczne. W szczytowych częściach komórek nadal gromadzi się glikogen. Częściowo jest on wydzielany do cew gruczołowych. Cewy rozszerzają się i przyjmują kształt gwiazdkowaty oraz zwijają się spiralnie. Naczynia spiralne układają się wzdłuż cew, obficie je unaczyniając. Komórki podścieliska są w tym okresie tzw. komórkami doczesnowymi miesiączkowymi. Ulegają one przekształceniu i pojawiają się w nich enzymy proteolityczne, glikogen i lipidy. Zewnętrzna warstwa zawiera komórki doczesnowe i nabłonek pokrywający, które razem stanowią warstwę zbitą.