Działalność w okresie III RP mały|248x248px|Michał Boni podczas konferencji na temat swobodnego przepływu danych (2017) W 1990 pełnił funkcję podsekretarza stanu w Ministerstwie Pracy i Polityki Socjalnej w rządzie Tadeusza Mazowieckiego. Od 12 stycznia do 23 grudnia sprawował urząd ministra pracy i polityki socjalnej w rządzie Jana Krzysztofa Bieleckiego (w czasie nominacji pozostawał bezpartyjny). W wyborach parlamentarnych w 1991 został wybrany do Sejmu I kadencji z listy Kongresu Liberalno-Demokratycznego. W Sejmie I kadencji pracował w Komisji Kultury i Środków Przekazu oraz Komisji Polityki Społecznej. W rządzie Hanny Suchockiej ponownie zajmował stanowisko wiceministra pracy i polityki socjalnej (od 1992 do 1993). W 1993 nie uzyskał poselskiej reelekcji.
Jako ekspert współpracował następnie z fundacjami polskimi i międzynarodowymi, m.in. z Centrum Analiz Społeczno-Ekonomicznych (CASE), Centrum Stosunków Międzynarodowych, Polsko-Amerykańską Fundacją Wolności, Instytutem Nauk o Człowieku w Wiedniu. Był przedstawicielem pracodawców polskich w Europejskiej Fundacji na rzecz Poprawy Warunków Życia i Pracy (Eurofound) w Dublinie, doradcą Konfederacji Lewiatan, członkiem Komitetu Naukowego Wsparcia Wspólnoty ds.