Od VI w. p.n.e. przynajmniej 20 miast tego małoazjatyckiego regionu związanych było luźną federacją. Wkrótce jednak włączone zostały do imperium perskiego, gdy ok. 546 p.n.e. Cyrus II Wielki opanował zachodnią część Anatolii, atakując główne miasto Licji. Mieszkańcy Ksantos stoczyli wówczas heroiczną walkę z Persami. Mając bardzo niewielu żołnierzy dzielnie stawili czoło potężnej armii Achemenidów. Przed walką rozpalili na akropolu ogień i nakazali swym żonom i dzieciom popełnić samobójstwo, sami wrzucili do ognia cały swój dobytek i wystąpili do walki z Persami, walcząc aż do śmierci. Wojska Achemenidów ostatecznie zdobyły miasto, lecz wyludnione.
Za perskiego panowania w Ksantos osiedlono około 80 rodzin. Achemenidzka okupacja nie była uciążliwa, od Licyjczyków żądano jedynie regularnej daniny, a rządzić pozwolono dotychczasowym dynastom. W trakcie okresu perskiego rozkwit przeżyła licyjska gospodarka, wykuto pierwsze groby w skałach,a do powszechnego użycia wszedł licyjski alfabet.