Od 1993 roku zakład był samodzielną spółką, a od 1994 roku – spółką akcyjną Skarbu Państwa. W 1999 roku oddano do użytku nowy zespół parowo-gazowy. Od 2004 roku 69% udziałów EC Gorzów należało do Polskich Sieci Elektroenergetycznych, na bazie których powstała PGE Polska Grupa Energetyczna. W 2006 roku EC Gorzów stała się stuprocentowym udziałowcem PEC Gorzów. We wrześniu 2010 roku Elektrociepłownia Gorzów SA weszła w skład PGE Górnictwo i Energetyka Konwencjonalna SA i stała się jednym z 11 oddziałów tej spółki.
W latach 2014–2017 elektrociepłownia wraz z Miastem Gorzów zrealizowała bardzo ważny dla miasta Gorzowa Wlkp. Projekt Centrum, którego podstawowym celem jest poprawa jakości powietrza atmosferycznego w mieście, poprzez obniżenie poziomu zanieczyszczeń emitowanych do otoczenia np. przez stare piece kaflowe. Projekt dofinansowywany był ze środków NFOŚiGW oraz WFOŚiGW.
W 2015 roku gorzowska elektrociepłownia obchodziła 65-lecie działalności.