We wrześniu 1986 roku z inicjatywy Nadżibullaha powstała Komisja Pojednania Narodowego, a pod koniec tego samego roku wezwał do półrocznego zawieszenia broni w trwającej w kraju wojnie domowej. Kroki te były elementami szerokiej polityki mającej na celu zakończenie działań wojennych. Choć program nie udał się to rządowi udało się przeciągnąć na swoją stronę wielu mudżahedinów rozczarowanych polityką opozycji, zasilili oni rządowe milicje. Proces pojednania doprowadził do zyskania szerokiego poparcia dla rządu na terenach miejskich oraz do stabilizacji afgańskiej armiiAmtstutz, J. Bruce (1994). Afghanistan: Past and Present. DIANE Publishing. s. 153. .. We wrześniu 1986 roku przygotowano nową konstytucję, którą zatwierdzono 29 listopada 1987 rokuOtto, Jan Michiel (2010). Sharia Incorporated: A Comparative Overview of the Legal Systems of Twelve Muslim Countries in Past and Present. Amsterdam University Press. s. 289. .. Nowa konstytucja osłabiła kompetencje głowy państwa oraz anulowała absolutne prawo prezydenckiego weta. 13 lipca 1987 roku nazwa Demokratycznej Republiki Afganistanu została zmieniona na Republikę Afganistanu. W ten sposób powstała II Republika Afganistanu.