Dzieciństwo Andrea Pirlo urodził się 19 maja 1979 we Flero jako syn Livvi (z d. Gatti) i Luigiego. Jego ojciec był właścicielem firmy produkującej i sprzedającej stal Elg Steel. Ma brata Ivana i siostrę Silvię. W wieku sześciu lat został zapisany do lokalnego klubu Flero, później grał w Voluntas. W 1992 dołączył do młodzieżowej drużyny Brescii. Jego piłkarskimi idolami byli Lothar Matthäus i Roberto Baggio, był także kibicem Interu Mediolan.
Kariera klubowa Brescia 21 maja 1995, mając 16 lat, zadebiutował w Serie A w meczu z Regginą przegranym przez Brescię 2:0 i tym samym został najmłodszym zawodnikiem klubu, który wystąpił w Serie A. W następnym sezonie, 1995/1996 nie rozegrał żadnego meczu w seniorskiej drużynie Brescii, jednak uczestniczył w młodzieżowym tuenieju Torneo di Viareggio. Pierwszą bramkę dla Brescii strzelił 9 lutego 1997 w rozgrywkach Serie B w meczu z Palermo. Debiutanckie trafienie w Serie A zanotował 19 października 1997 w wygranym 4:0 meczu przeciwko Vicenzy.