SimCity 3000 jest pierwszą z gier w serii SimCity, która oddaje prawdziwą naturę miasta. W mieście widać przechodniów spacerujących po chodnikach, bawiących się w parkach, widać również samochody, których jest kilkanaście typów. W przeciwieństwie do wcześniejszych wersji gry, samochody te indywidualnie poruszają się po wyznaczonych przez symulator ruchu gry, trasach. W dodatku każdy samochód również jest trójwymiarowy i nie jest – tak jak wcześniej – tylko kropką na ulicy. Ważną cechą SimCity 3000 jest możliwość ukształtowania terenu: można tworzyć rzeki, jeziora i góry. W przeciwieństwie do poprzednich wersji zależnie od wysokości zmienia się kolor planszy od jasnozielonego (niziny) przez brązowy (wyżyny) do białego (góry). Wprowadzone zostały też różne rodzaje drzew (w SimCity 2000 były tylko sosny).
W SimCity 3000 zwiększono czterokrotnie ilość powierzchni do budowy, a by zobaczyć swoje miasto w całej krasie, należy użyć największego oddalenia. Zwiększona została też rozdzielczość do 1280x1024.
Maxis zaoferowało również wiele wtyczek do SimCity 3000, poczynając od nowych budynków (również tych stworzonych przez fanów) do nowych katastrof.